Если брать аналогию с электрическими цепями, то должно быть всё-равно.
С учетом сжимаемости воздуха возникнет некоторая погрешность, но она будет, как мне кажется, пренебрежимо мала, так как расходомеры не должны создавать сопротивления, и перепады давления между участками будут малы.
Для контроля можно повторить опыты для обоих случаев. Если будет разница, то усреднить...