У кого одноразовая виза, либо первый выезд по многоразовой - однозначно лучше делать Литовскую (так как первая ваша страна въезда по маршруту - Литва), все как и писали выше, первый въезд считается обязательным через страну выдавшую визу. Заканчивать свое путешествие лучше также через страну получения визы, не могу сказать что обязательно, потому как на своем примере, у меня например были выезды через Польшу при Литовской визе. Проблем при следующем получении Литовского шенгена не возникло.
Если виза немецкая, итальянская, французская или какая-либо другая, то пох через Польшу, Литву, Латвию или еще через что вы будете въезжать в ЕС.
Приходилось два раза делать немецкую визу, делал по приглашению, но всеравно спрашивали к кому еду, маршрут спрашивали запланирован ли на туризм, зачем еду, отпускают ли на работе, и еще масса вопросов. Апогеем было, когда немка попросила прямо в окне оформления документов показать примерно 700 евро на две недели пребывания (нужно по 45 евро на сутки). Хорошо что был готов к этому, но показал 500 в разных купюрах.
Да и проще всего было бы все же найти какое агентство, кто сделал бы под ключ вам те же самые Литовские визы, взяв на себя все нюансы и куръезы в оформлении и предоставлении документов.