Надо снимать обшивку двери и смотреть, что там с замком, я думаю.
Ковер сохнет очень долго, если попавшая через отверстие вода впиталась в ковер, его можно потом сушить целый месяц, причем не в закрытом пространстве автомобиля, а в сухом теплом помещении. Ну и не помешало бы поискать следы затекания воды под ковер альтернативными путями. Или даже, приподняв ковер, как следует облить автомобиль (на мойке, например). Я однажды приехал на мойку, сидим внутри, тут слышу - журчит. У пассажира в ногах - водопад.