Я тоже ставил м42 с е36 и коробку оставил от предыдущего м40 е30.
Подшипники реально отличаются во внутреннем диаметре, стоить будет копейку рублей 200-300, лучше поменяй сразу, даже просто в виде профилактики лишним не будет!!
Вытащить его можно очень просто, по мимо мыла или обратного молотка, есть шанс как я вытащить его болтиком и гайкой))))
Еще обрати внимание на то что подушки от м40 тоже не идеально подходят, лучше сразу меняй на другие или подложи на 10-15 мм шайбочек, там есть запас по резьбе, иначе они проседают сильно, у меня от балки до мотора 5 миллиметров получилось!!!
Еще если оставляешь гур насос и гену от мотора е36, то щуп лучше оставить от м40 и надо его гнуть по месту, иначе придется искать насос гура от е30 м40-42 который ставиться чуть ниже и крепление гены от е30 м40-42 и в этом случе щуп трагать не придется.