Черная поверхность после преобразователя образуется там, где был толстый слой ржавчины.
Рекомендую делать так: сначала все отчищается, щеткой, болгаркой, чтобы не было рыхлых кусков ржавчины. Потом мажется преобразовалкой, когда она подействует, то на чистом металле будет белый налет такой, а где совсем много ржи, там будет черное. Где черное, постарайся еще поковырять, и еще помазать, насколько это возможно.
Вообще старайся сразу четко оценивать, надо ли чистить/шкурить, может там имеет смысл все вырезать и варить.