Смотря какой вид узаконивания ты хочешь... Чтобы комар носа не подточил одно дело, а чтобы на учет поставили, совсем другое.
Уже достаточно давно номер на двигателе не проверяют, меж тем предпологается, что ты не будешь вносить значительные изменения в конструкцию (модель двигателя, не устанавливаемая заводом-изготовителем, например.)
Я когда поехал свою на учет ставить, на то, что двигатель совсем не тот не обратили внимания. А в целом, если хочешь подстраховаться, то можешь покупать двигатель с комплектом документов.
Это договор купли-продажи (обязательно), так как двигатель не перестал быть номерным агрегатом. И в случае отсутствия этой бумаги и обнаружении не соответствий с записями в регистрационных документах машина поедет на штраф-стоянку. Доказывай потом, что он твой...
И можно еще получить свидетельство на высвободившийся номерной агрегат. Ну это в идеале...
А если двигатель не предусмотрен конструкцией, то сначало лучше поискать на форуме, как правильно все сделать. Благо я год назад видел этот пост.