немного не понял, винда стартует в безопасном режиме - всё на месте? попробуй посмотреть логи операционной системы после загрузки в обычном режиме. то бишь загружаешься сначала в обычном режиме, потом перезагружаешься и запускаешь безопасный режим. а далее - логи смотреть так - правой кнопкой мыши по значку "Мой компьютер", команда "Управление" (manage), далее Журнал событий (слева). тебе нужны журнал "Приложение" (application) и журнал "Система" (system). посмотри по времени, когда грузилась операционная система в обычный режим с глюками, какие есть события с красным значком (это ошибки будут записываться). возможно, там можно будет увидеть что не грузится explorer.exe ну и причины этого.
ps скорее всего вирусняк - можешь попробовать пройтись drweb.cureit - он бесплатный, скачивается с сайта drweb. только учти, что есть вероятность, что он грохнет какие нибудь системные файлы или файлы установленного софта.