если не ошибаюсь то:
Пишете стандартное заявление на бланке (Прошу зарегистрировать замену двигателя), вписываете туда ВИН, госномер и т.д., ну как обычно, но номер и модель двигателя в нем указываете новые. Представляете ТС на осмотр. Инспектор делает отметку, сдаете в окошко весь набор доков.