я не знаю что такое ардуино, и насколько она маленькая и простая
соответственно не знаю чем компилировать. из этого вытекает - я не знаю под какой компилятор и на каком языке программа нужна

и узнавать мне лень
вобще в полном, тоесть в ПОЛНОМ даташите, который есть на сайте атмел, есть полное описание всех регистров конкретного мк.
тебе нужно задействовать входы с внешними прерываниями, типо INT1 INT0
программно настроить таймер контроллера на старт счетчика по возрастающему (или по ниспадающему) фронту, и стоп-сброс-старт по следующему.
считаеш чиво там насчитал таймер с учетом его делителя тактовой частоты мк которую ты задал и получаеш время между импульсами, а зная время нетрудно узнать частоту
зы: а вобще микрасхема говно из-за малого колличества ног (32), тоесть интерфейс ограничен. взять уж мегу 32

зызы у меня такое впечатление что у тебя курсовая работа