У меня попадала вода через уплотнение между платиковым клапаном (в него приходят шланги слива с люка). и крылом. Определил очень просто: снял обшивку багажника и поливал с улицы на крыло, если протекает то видно сразу.
Вышел из положения просто: снял этот пластиковый клапан, промыл уплонтитель, все промазал обычным герметиком погуще и вставил обратно в крыло.
Теперь от туда вода не попадает.
Правда вода иногда образуется в нишах багажника, если поставить машину под уклон мордой вниз.
Видимо через уплотнитель багажника.