Вода не попадает, кроме стеков с крышки.
Так не бывает. Вода на крышке багажника из ниоткуда не берется. Либо у тебя в салоне болото, либо ты слишком интенсивно дышишь в салоне, либо в багажнике ковер не вполне сухой. Коверный багажник, кстати, умеет впитывать огромное количество воды. Однажды у меня там разлилась 1,5-литровая канистра антифриза и полностью впиталась. Т.к. ковер легко снимается, его можно высушить дома, например.
А нет ли лужи в нише запаски?
Если обеклеить крышку теплошумоизоляцией, как тут верно советовали - конденсат может и исчезнет, однако источник проблемы ты не устранишь и он никуда не денется. Это типа как ведерко подставить, если с потолка капает.