Нет, это как-то очень заморочно. СЦ - это серебряно-цинковые элементы, а тут - литиево-марганцевые. И как их правильно "подзарядить" - я не знаю. Так что насчет 5% - это ты зря.
Ток утечки предлагаю измерить напрямую - отпаять/оторвать имеющиеся батарейки (или одну, если они стоят последовательно), воткнуть вместо них хотя бы ту же CR2032, измерить ток. Только вот какой он должен быть, этот ток?
Ну метод оценки я выбрал правильный

Другого все равно нет

Все различия между СЦ и Li-Mn батарейками уложатся в (максимум) 20% погрешность. Здесь же мы имеем промах не меньше, чем в 180 раз. Это, согласись, не 6% (с учетом тех 20%, которые накладываются на 5% изначально рассчитанных).
Как их правильно "подзарядить"? Ну мы же знаем, что правильно их вообще не заряжать.
Теперь как измерить ток утечки на указанной плате:
ты же сам дал ссылку на даташит. Там в конце есть таблица зависимости продолжительности работы от величины расходования тока.
Что мы имеем: в исправной СИ плате срок службы батареи составляет... ну сколько? ну пусть 6 месяцев... допустим, пол года может пролежать отключенная приборка и сохранить данные.
пол года = 4320 часов. Смотрим в даташит. Примерно (+/-) получается, что ток утечки должен быть 0,3 - 0,5 мА.
ТС, с тебя цифры! Ставлю 20 копеек, что ток утечки будет 20-40 мА