Странно,
1) Половинки коробки склеены между собой. Поэтому, тебе пришлось "отрывать" колокол. Плюс ко всему, есть 2 напрвляющих штыря для четкого совмещения половинок при сборке. Они закисают от времени. Их надо обязательно вычистить таким образом, чтобы половинки легко состыковывались друг с другом. Это нужно, чтобы при сборке почувствовать, не пошел ли в перекос передний подшипник промежуточного вала.
2) Коробка у меня - гетраг. Закрытый сепаратор - как раз и есть роликовая часть подшипника.
То, что ты снимал/устанавливал подшипник, я больше чем уверен, не увеличило люфт.
3) Теперь рассмотрю то, о чем ты написал вскользь: вытянул вал и стопорное кольцо не прилегало к <валу?? > подшипнику, наверное!
Вот здесь у тебя имеется сборочная ошибка. В чем выражается: все дело в том, что зазора быть не должно. Достигается установкой регулировочного кольца между внутренней обоймой подшипника и стопорным кольцом.
КАк предлагают делать в мурзилке: установите подшипник так, чтобы он firmly seated. Я это понял, как именно состояние, когда подшипник сидит максимально глубоко на первичном валу, а фактически - вал вытянут на себя до упора. Далее, щупом промеряем зазор между стопорным и старым регулирующим кольцом. Складываем толщину щупа и толщину старого регулировочного кольца и заказываем новое регулировочное кольцо по партнамберу.
А теперь - финальный якорь в жопу: регулировочное кольцо будет идти не меньше 30 дней, за то придет в красивейшей коробочке БМВ-Мини! Мошт, выложу фотки

Заранее его заказать не получится, ибо ты выяснишь его толщину только после того, как соберешь коробку с новым подшипником.
4) По поводу замера зазора в синхронизаторе - именно так.