Тут только вешать осцилограф на датчик колена и смотреть, что он там показывает на разных оборотах. У меня других идей вообще нету.
Ну благо, современные осцилографы могут записывать сигнал очень долго, и его потом (когда твое ИНОГДА) случится, можно будет проанализировать
Лучше даже писать сразу два канала: сигнал с датчика колена и сигнал на катушку зажигания.
При сбое проверить фазировку относительно нормальных условий.
Насос, мне кажется, в последнюю очередь. Как эксперимент, можешь вывести в салон провода с предохранителя насоса и поразрывать цепь в процессе езды, поотключать насос - посмотреть, какие это дает ощущения.