Я устанавливал привод и крышку в таком порядке:
1. Крышка люка снята, привод снят, обшивка установлена в полозья и задвинута максимально назад. Каретки люка ставятся по меткам, соответствуют положению "Люк закрыт" (взято отсюда
http://www.e30m3.info/documentation/bmw_e30_m3_repair_manual/54_Special_Roof/5412004.htm).


2. Ставится привод, находящийся в положении "Люк закрыт". Затем, кнопками открываем-закрываем пару раз механизм в обе стороны. Это нужно для того, чтобы привод встал точно в среднее положение, так как без нагрузки он его проезжает. Это хорошо видно на видео из моей темы про контроллер люка, вот она
https://www.e30club.ru/forum/index.php/topic,90610.msg1572501.html3. Итак, привод у нас в среднем положении, а метки кареток скорее всего съехали. Отворачиваем привод, прицеливаем каретки еще раз, см. пункт 1. Ставим привод обратно. Все, механизм люка у нас синхронизирован.
4. Накидываем крышку, в соответствии с мануалом: передняя кромка должна быть ниже проема люка на 1мм, а задняя выше проема на 1мм. Открываем-закрываем люк (да, назад люк далеко не утягиваем!), контролируем положение. Скорее всего, с разных направлений люк будет вставать на разную высоту. Ну тут уж придется выбрать что-то среднее.
P.S. Индейская хитрость: для меня была проблема - закрутить винты, фиксирующие крышку люка на полозьях, они хоть и torx, но все время норовили упасть с отвертки. Помогли маленькие магнитики от детских магнитных сережек, продаются в отделах китайского барахла, цена - полкопейки.
5. Далее вытягиваем обшивку люка вперед, приоткрываем его на проветривание, напяливаем пазы на рога, застегиваем клипсы.