Скорее всего причина тряски - просевшие пружины демпфера на диске сцепления, а вот про болтающийся первичный вал кпп врятли ,и на снятую он так и так будет болтаться т.к еще один его подшипник(игольчатый) находиться в коленвале. Когда снимешь сцепление,ради интереса по тряси ведомый диск или пошевели пальцем шлицевую часть, посмотри как себя ведут пружины(люфта не должно быть)