Никакого дисбаланса не будет. Если бы он был возможен, то вообще не возможна была бы замена маховика без общей балансировки и любые работы с маховиком или коленвалом требовали бы балансировки обоих вместе, плюс ещё и с демпфером. И в придачу коленвалы для АКПП и для РКПП были бы разные по балансировке, а они абсолютно одинаковые. Все детали балансируются отдельно. И кстати упомянутые тобой шатуны меняются на раз-два, просто нужно подбирать комплект по соответствующему весу +-4 грамма, если память не изменяет.