Когда меня плавающие проблемы сильно достают, тогда я решаюсь на капитальную переборку. В твоем случае, если бы проблема не решалась никаких образом, я бы сделал так:
1. Слил бы охлаждайку,
2. Снял бы все патрубки системы охл, и с печки тоже,
3. Снял бы радиаторы и помпу
4. Все бы проверил, просветил фонариком, продул
5. Заглушил бы все отверстия в радиторе кроме заливного и измерил бы его емкость, сколько в него обычной воды вмещается.
Если у тебя все новое, то может быть воздушная пробка, даже теоретически может какой-нибудь болт застрял в патрубках, например если бы он упал в заливную горловину радиатора и пошел по системе охлаждения.
Но это действительно титаническая работа, с помощью которой можно провести полную проверку патрубков, хомутов и т. п.)