Недавно тоже варил эти места. Варил со стороны мотора под блоком предохранителей, а не из салона. Аналогичные дырки были с пассажирской стороны. Образовались они из за слива и области печки (там вода бежала по кузову), где торчит резиновая трубочка. Трубочку сделал новую, и посадил ее на герметик. А еще дыры были со стороны аккума. Проверь заранее эти места, раз уж все разобрал, если еще не проверил. Кстати причина этих дыр банальная - щели под уплотнителем, где крылья стыкуются с кузовом. Их нужно замазать герметиком. На форуме уже про это писали. Если их не заделать, то вода опять будет попадать под капот с одной стороны а район аккумулятора, с другой - в область блока предохранителей.