Да ничего страшного такого нет в замене крыши, да это не как на заводе, но все е30 бились неоднократно и делались аналогично, если вся машина уже по кругу ремонтирована не как на заводе то смысла бояться сделать так же с крышей нет никакого. Если приваришь ровно, сам через годик забудешь что она переварена, а если нормально обработаешь то лет через 10-15 тока дадут о себе знашь швы(ну это если качественно пролить все полости внутри, и т. д.), но многие из вас оставят себе машину на 10 лет? Думаю что не многие.
О коррозии мест ремонта.
У меня у родственника е28, поменяны пороги 11 лет назад, пока ни намека на ржу, полы сгнили а пороги нет, варили в гараже полуавтоматом, вот что значит обработка, изнутри термоядерная смесь пушсало-мовиль-отработка и еще чтото точный рецепт не помню, коктейли бывают разные, снаружи грунт-швы герметиком-гравийка-краска-лак