У меня стоят гидроподушки с е36. надо срезать с них направляющие выштамповки и поставить. если шумки на капоте нет, то ничего не задевает. самая верхняя часть - впускной коллектор первого горшка(если впуск с е30) Если впуск с е36, то, возможно, вообще не будет задевать или просто не влезет)))) Если стоит многодроссель, то вообще пофиг. Муфта не задевает у меня, всё отлично. ВИбрации есть, но небольшие. Другой вариант, сделать подкладки под балку - между балкой и лонжеронами 0.5-1см.
Для переделки м40В16 в М42 надо купить м42. если есть желание оставить свой номер ДВС, то там полная капиталка мотора выйдет и не забывать про масляные форсунки, которых в В16 нет.